电气与计算机工程学院创立于2006年9月，创办之初以“信息科学与技术系”命名，系下设计算机科学与技术专业，常会友教授担任系主任。2007年，伍小明副教授担任系主任，同年10月系名更改为“计算机工程系”。

2007年8月，基于IT技术的发展及市场需求，为培养具有国内外竞争力的、多类型的工程型、创新型、复合型IT技术人才，依托广州南方学院的发展规划，创立了电子系，丘海明副教授担任系主任。系下设立电子信息科学与技术、艺术设计学两个专业。

2008年6月，为适应学校的整体规划及发展需要，计算机工程系与电子系合并，系名仍为计算机工程系，伍小明副教授担任系主任。系下设计算机科学与技术、电子信息科学与技术、艺术设计学三个专业（2011年艺术设计学专业从电子通信与软件工程系分离成立艺术与创意产业系），2008年12月，为进一步进行应用型学科合理布局与发展需要，系更名为电子通信与软件工程系，杨智教授为系主任。

2017年4月，为适应国家社会经济建设及学院的高速发展需要，进一步建设高水平双师型师资队伍，有效地进行多学科专业交叉互补，更好地培养社会需要的IT工程应用型人才，电子通信与软件工程系转型为学院，命名为“电气与计算机工程学院”，杨智教授担任院长，苑俊英副教授、闵虎高级工程师担任副院长。

学院现设有电子信息科学与技术、通信工程、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、软件工程、智能科学与技术、数据科学与大数据技术七个本科专业，目前七个专业在校学生共计4200人。